ある日、右京（水谷豊）のもとに、かつて事件を通じて特命係とかかわった
ホームレスの吉田一郎（松尾貴史）が訪ねてくる。
ゴミ箱から拾ったバラバラのレジュメを繋ぎ合わせたところ、
そこには歩道橋から転落死したと報じられた
男性会社員の詳細な個人情報が書かれていたという。
それが何らかの事件であることを察した右京と享（成宮寛貴）は、
独自の捜査を開始する。

　そんな中、右京は歩道橋付近の防犯カメラに、
先日絞殺された大学准教授が映っているのを発見。
ふたつの事件の繋がりを疑う。
そして、吉田から受け取ったレジュメから、
社美彌子（仲間由紀恵）という女性の指紋が見つかる。
彼女は、内閣情報調査室総務部門（通称・内調）に在籍する、
情報機関のスペシャリストだった。
さっそく、美彌子と面会した右京と享は、
レジュメが内調の資料室から何者かによって持ち出されたものだと聞く。
美彌子によると、レジュメには７名の日本人の詳細な情報が書かれていた。
７名は先ごろアメリカに亡命したロシア人スパイが
日本滞在中に情報を得ていた協力者だと証言した人物という。
米CIAから内調に極秘裏に連絡があったのだ。

　その内、既に３名が死亡。
転落死した男性会社員と、絞殺された大学准教授、
さらに昨夜殺害された新聞記者の名前があった。
何者かがリストアップされた７人を
次々に殺している“連続暗殺事件”の可能性が浮上し、
捜査一課は残る４人の警護を担当することに。 ところが、
その矢先、思わぬ事態が起こり、警護は大混乱に陥る。

７人を狙う“姿なき暗殺者”は一体誰なのか？
右京と享は、日本の情報戦略を根底から揺るがす
スパイ事件の闇を解き明かすことができるのか…!?
国家レベルの巨大事件から、特命係の新たな捜査が始まる！