新政権発足間近に国家を揺るがす爆破事件が発生！
稀代の革命戦士・本多篤人が復活！？
人質は東京都民1300万人！
豪華客船を舞台に信念を懸けた最後の戦いが始まる！

官房長官・音越栄徳と官房副長官になった片山雛子による
新会派結成と総裁選出馬宣言の記者会見場で、爆破事件が発生。
そんな、国を揺るがす緊急事態でも、特命係は蚊帳の外で、
右京は休暇を取っていた。
しかし、訪ねてきた元捜査一課の三浦から、
極左グループ「赤いカナリア」の元幹部・本多に関する気になる情報を聞く。
元死刑確定囚だった本多は、超法規的措置で別人の戸籍を与えられ、
娘の茉莉と共に余生をおくっていたが、
最近になって消息が分からなくなったという。
引っ掛かるものを感じた右京は、2人が暮らしていたという富山へと向かう。

一方、亘は、雛子と警察幹部が顔を揃えた会議に招集される。
雛子が主導権を握るその会議では、
爆破事件に使われた爆弾の性能から、本多の関与を有力視。
亘や警視庁公安3課を含むチームで、事態の収拾に動き出す。

同じ頃、富山に到着した右京は、
本多親子が住んでいた村が音越官房長官の選挙区であることを知る。
また、役場の植村明梨の案内で本多親子の住まいを訪ねた右京は
、誰もいない部屋から紐が通された青い石を発見する。
明梨によれば、それは村で言い伝えられている
“願い石”と呼ばれる願掛けのアイテム。
一つの石を二つに割り、同じ願いを持つ者で分け持つと成就するのだという。
そう説明する明梨の首にも、赤い願い石がかけられていた。

本多親子の住まいを捜索し終えた右京が外に出ると、
そこには公安3課の刑事たちがいた。
半ば強制的に東京に連れ戻された右京は、
これまで数々の因縁がある雛子と再び顔を合わせる。
「邪魔をするな」という雛子に対して、
右京は「本多が爆破事件を起こしたとは思えない」と反論。
右京と雛子は、またしても対峙することになる。

その一方、右京は本多親子の住まいから持ち帰った青い石の鑑定を米沢に依頼。
ついでに、新たに願い石を作り、事件解決を願って亘と分け持つことにする。
ただし、今回の事件に関しては、雛子が集めた捜査チームの一員である亘と、
右京には立場の違いがあって別行動。
亘が警視庁に残る中、右京は再び単独で富山に飛ぶ。

本多はなぜ再び爆破事件に手を染めたのか？
いよいよ国の中枢まで登り詰めた雛子との関係は!?
杉下右京、片山雛子、本多篤人。
それぞれの信念を懸けた戦いが、ついに最終章を迎える！