「無断欠勤とは、不届きですねぇ」。
お昼過ぎ、亀山薫の出勤表を見つめながら、
杉下右京がつぶやく。
薫は今朝から警視庁に姿を見せていない。
携帯電話もつながらないままだ。

そこへ、右京を訪ね女子中学生の２人組がやってくる。
前日、あるジャーナル誌に載った
『警視庁・特命係に“和製シャーロック・ホームズ”がいる』という投書を読んで、
取材を申し込んできたのだ。

２人は推理小説研究会のメンバーで、右京を題材に新しい小説を書くという。
快く取材に応じる右京。
中学時代、自分も推理小説を書いていたという右京と少女たちの間には、
和やかな時間が流れていく。

取材を終えた右京は奥寺美和子に会う。
彼女は夕べ、薫に約束をすっぽかされていた。
家にも行ってみたが姿はないという。
気になった右京はその足で捜査一課へと向かう。
捜一の面々が協力的な姿勢を示すことは無かったが、
偶然にも、右京は彼らから大きなヒントを得る。
捜一は、捜査中の大学教授と歴史研究家が相次いで行方不明になっている
“インテリ失踪事件”になぞらえ、薫に共通点がないことを百も承知で、
第三の被害者に見立てるという不謹慎なことを言ってきたのだ。
「杉下さんなら分かるんですけど」との捨て台詞まで付けて…。

特命係に戻った右京は、ジャーナル誌を手に前日の出来事を思い出してみる。
前日の退勤時、右京は一人の女性に鞄を捕まれ、足留めをされていた。
記事を読んでファンになった、相談に乗ってほしいと色っぽく迫る女性。
右京はとっさに、それはもう一人の特命係、亀山刑事のことだと嘘をつき、
面倒をやり過ごしていたのだった。

鞄を持って鑑識に向かう右京。
予想通り、指紋から女の素性が割れる。
前科があったのだ。進藤ミサエ、26歳。
若さに似合わず、２度も実刑を受けている。
罪状は横領、詐欺に強盗未遂…。
金のためなら何でもするタイプと思われた。

右京は、ミサエが薫を和製シャーロック・ホームズと勘違いし、連れ去ったと確信。
事件を“インテリ、かっこ、例外一名含む、かっこ閉じ、失踪事件”と改め、
単独で捜査を開始する。

そのころ、行方知れずの薫は、
どこかの地下室にロープで拘束され監禁されていた。
古めかしい家具に大量の書物。
壁には軍人らしき人物の写真が飾られている。
そして重厚な埋め込み式の金庫。
薫のそばには破壊された携帯電話と、一編の詩が書かれた紙が置かれていた。
『やまとはくにのまほろば　たたなづくあおがき　やまごもれる　やまとしうるはし』…。

「お勉強は進んだかな？」。
そう言って階下に降りてきたのは、ブランド服に身を包んだミサエだ。
金庫内には４億相当の金塊があり、この詩は金庫を開けるための暗号だと言う。

薫と同じように拉致されてきた大学教授と歴史研究家は、
暗号を解くことなく不慮の事故で命を落としたとも。
もしも暗号が解けなければ、薫も同じ運命をたどるのは明白だ。

現に、薫はすでに痛手を負っている。
しかし、肉体派の薫に右京並みの推理が働くはずもなく…。
ミサエがしびれを切らすのが先か、それとも右京が居所を突き止めるのが先か、
１秒を争う戦いの結末は…!?